南于径流雨水中含有各种污染物质，如未经必要的预处理或预处理不够，渗透设施在运行过程中会造成堵塞，堵塞问题严重时甚至可导致雨水渗透设施的失效。

经研究证实，在雨水渗透系统中，堵塞主要来源于悬浮物、污染物、微生物等系统中的沉积物。Siriwardene的一维垂直流试验将渗透介质分为上下两层(0．9 m的砾石层和0．7m的土壤层)，通过对雨水渗透设施渗透层的模拟，发现固体颗粒在土壤层与砾石层交界处易发生堵塞，此处大多数颗粒粒径均小于，且以小于的颗粒为主。郑兴等的试验研究结果表明，当渗透设施上层种植有植物时，由于种植层孔隙率小于下层滤床，颗粒污染物可更多地被截留在土壤孔隙内，堵塞首先发生在种植层，因此种植土的选择是防止渗透设施堵塞的关键。可见，不同的雨水渗透系统其发生堵塞的部位不同，需进行系统的理论分析与试验研究，有针对性地对堵塞层采取相应的防堵措施，保障渗透系统的有效性。

不仅堵塞层的结构要进行防堵设计，而且雨水渗透设施本身也应当进行周期性的清理与维护。例如，为了保持设施的水力有效性，多孔铺装中截留的固体通常采用表层清洗技术(如真空水射器)进行清理；低势绿地的设计中则可通过加强滤料层的通风作用来缓解其堵塞，促进渗滤性能的良性恢复。